本文收集了一些常用参考基因组的下载网址和补充说明。

1. NCBI genome

2. Ensembl FTP

3. UCSC FTP：cytoband文件可能含有gneg等标识，其中acen表示着丝粒区域、stalk表示近端着丝粒区域、gvar表示异染色质，例如臂间或端粒区域。

4. GENCODE：只有人和大鼠，注释较好。

5. iGenomes：部分模式生物bowtie、bowtie2和BWA索引基因组。

6. HISAT2：部分模式生物HISAT2索引基因组。

更新记录

2018年8月6日