1. 基因组注释信息

• NCBI ftp 下载基因组

• Craig Venter Institute

• Ensembl

2. 进化树

• 进化树展示

  • Wiki software list

  • Biostats总结

  • iTOL

  • Dendroscope

• 进化树构建

  • RAxML

  • PhyML

  • PHYLIP，在PHYLIP的介绍中，列出了六个高使用率的构建进化树的软件，MrBayes、PAUP*、RAxML、PhyML、MEGA和PHYLIP。

• 已知进化树

  • Open Tree of Life

• 时间尺度进化树

  • TimeTree

• sRNA数据库

  • 16S/23S数据库

  • 细菌16S数据库

  • 真核生物rRNA

• 数据格式转换

  • fasta转换为Phylip

  • 进化树newick和nexus格式转换

    1. R package ape，提供了函数read.tree()/write.tree()，read.nexus()/read.nexus()。

  • 通用格式转换工具

3. 网络可视化

• Cytoscape

• 3D网络BioLayout Expression3D

• VisAnt

• Circos

4. 序列比对

• Clustal

• Blast

• Blast+

• EBI总结

• MAFFT

• MUSCLE

• T-Coffee

• MEGA

5. 质谱分析

• X!Tandem

• X!Tandem bacterial

• ProteinProspector

• R packages list

• Mascot

• OpenMS 最大的开源质谱数据分析平台

6. 基因/蛋白质注释

• Acembly

• KEGG

• PANTHER

• InterPro 分析蛋白质序列特征、家族等信息，对应一个本地Linux版本工具InterProScan

7. 基因名转换

• bioDBnet

• COG

• IDconverter

• uniprot

• DAVID

• NCBI E-utilities

8. 结构域分析

• CDD

• pfam

9. 原核生物Transcription Unit查询

• BioCyc

• ProOpDB

10. 探针设计

• ARB

11. 统计学网址

Virtual Laboratories in Probability and Statistics

12. 生物学通路数据库

• KEGG

• BioCyc

• Reactome

• Unipathway

• PID

• Biochemical-pathways

• Pathway Maps

• BioCarta

• GenMAPP

13. 转录调控数据库

• RegPrecise 原核生物“转录因子–下游基因”数据库。

• DBTBS 转录因子和相应的DNA结合保守（DNA binding motif）数据库。

14. 基因序列可视化

• Illustrator for Biological Sequences (IBS)

• DOG 可视化蛋白质结构域

15. 蛋白质相互作用

• PSICQUIC/PSISCORE 一个综合性蛋白质互作数据库，互作带有打分，发表文章。这个数据库和[IntAct]有重复。

• STRING和对应的R/Bioconductor包STRINGdb 使用广泛的预测和实验验证的蛋白质互作数据库，STRINGdb包更提供了下载、benchmark和可视化等功能。

• I2D 包括了果蝇、人、鼠等模式生物蛋白质互作。

• BioGRID 多个物种。

• Human Protein Reference Database 体内/体外相互作用。

• 3did 结构域相互作用。

文章介绍

• 未知蛋白功能研究流程

• 蛋白质相互作用 实验方法综述, 计算方法综述, 机器学习

• 进化树方法选择

• 构建进化树

书籍推荐

• a Little Book of R for Bioinformatics 一本使用R语言介绍生物信息学书，提供源代码和示例。

更新记录

2017年12月16日