构建进化树方法：Maximum Likelihood
评估：选择bootstrap或者Likelihood-ratio test
运行方式：所有平台和网页
心得：理论上支持4000条序列，小于2000000个字符。但是，对于个人电脑，通常100-200条序列比较合适。命令行运行时，可以选择非常简介的默认模式运行。在默认模式下，bootstrap需要手动开启。安装和使用非常方便，直接下载后可以直接使用。同时，bootstrap可以通过MPI分布计算，但是需要从源代码安装。
快速运行：
phyml -i align_file.phy --no_memory_check
-i：后跟需要Phylip格式文件--no_memory_check：不用检查内存，防止程序运行时跳出构建进化树方法：Maximum Likelihood
运行方式：所有平台和网页。
心得：推荐网页运行，支持数据的存放和其他构建进化树的方法。本地安装支持MPI和PThreads的分布计算，但是安装有些复杂，需要仔细阅读文档。
快速运行1：
raxmlHPC-PTHREADS-AVX -x 12345 -p 12345 -# 100 -m GTRGAMMA -T 4 -s align_file.phy -n TEST
-x：bootstrap运行时设定随机数，用于结果重现-p：parsimony推断时设定随机数，用于结果重现-#：bootstrap次数。也可以设定为autoMRE，最大次数是1000。-m：设定使用的模型，GTRGAMMA为核苷酸序列适用模型-T：设定线程数，不要超过最大线程-s：输入文件，Phylip或者fasta文件-n：输入文件记号快速运行2：
raxmlHPC-PTHREADS-AVX -f a -x 12345 -p 12345 -# autoMRE -m GTRCAT -T 4 -s align_file.phy -n TEST
-f a：选定算法，快速bootstrap运行方式：网页
心得：
用户可以添加很多自定义的项目，丰富和完善自己的进化树，比如添加柱状图、蛋白结构域、heatmap、基因平行转移（horizontal gene transfer）等；
如果输入NCBI taxonomy编号，能够自动转化成物种名称；支持鼠标点击交互式运行，非常方便。 心得：可以在网站上建立自己的帐号，之后设定不同的project展示和存放自己的项目。尝试构建了2000条左右的序列，显示完全没有问题。
2014年5月1日