在二代测序数据分析中，非常重要的一步是将测得的短序列“对应”到基因组上。所使用的工具被称为“短序列比对工具（short sequence aligners）”。以下是一些常用工具的介绍。
简介：Bowtie2是现在广泛使用的序列比对工具。
运行方式：所有平台
特点：
快速运行：
# 建立一系列FASTA文件目录
$ bowtie2-build /filePath/genomeFastaFile indexName
# 从已经index文件中提取原始基因组
$ bowtie2-inspect indexName > genomeFastaFile
# unpaired序列比对
$ bowtie2 -p 4 -x indexName -U readFiles -S samFileName
# paired序列比对
$ bowtie2 -p 4 -x indexName -1 readFiles1 -2 readFiles2 -S eg2.sam
-p：多线程
-x：之后跟index名称
-U：测序文件（比如Fasta，Fastq文件）
-1/-2：标识paired文件
-S：SAM格式输出文件