$ sudo dnf install ncurses*

# sam格式文件转换为bam格式文件
# 新版本samtools不用使用-S
$ samtools view -b samFile > bamFile

# bam格式文件转换为sam格式文件
$ samtools view -h bamFile > samFile

# bam格式文件转换为sorted bam格式文件，用于长期储存和后续分析
# 后一个‘sortedBamFilePrefix’是指需要存储文件名前缀，比如想存储“human_1.bam”，则输入“human_1”
$ samtools sort bamFile sortedBamFilePrefix

# bam文件按照reads名称排序
$ samtools sort -n bamFile sortedBamFilePrefix

# 直接查看bam文件
$ samtools view bamFile | head -2

# 创建bam的index文件
$ samtools index bamFile

# 输出alignment数目，配合-f和-F过滤reads
$ samtools view -c bamFile

# 统计bam文件map数量，可以用于评估mapping的质量。需要输入indexed的bam文件
# 输出结果每一列分别为参考序列名称、参考序列长度、map上的reads数目、未map上的reads数目
$ samtools idxstats sortedIndexedBamFile

$ head samFile
HD      VN:1.0          SO:coordinate
@SQ     SN:chr1         LN:249250621
@SQ     SN:chr10        LN:135534747
@SQ     SN:chr11        LN:135006516

HISEQ2000-02:436:C2PG3ACXX:3:1316:4503:75198    99      chr1    11527   3       100M    =       11624   197     CTGGGTTTAAAAGTAAAAAATAAATATGTTTAATTTGTGAACTGATTACCATCAGAATTGTACTGTTCTGTATCCCACCAGCAATGTCTAGGAATGCCTG  ?@@FFFD?D>DDHFGGEGGIJDHJCEGCHE@FCHIJJJGG@GEGHGJGHHIIIJJJIJJECGG@FHIIJJJIIGEADHHEEDF;BB@CACCCEDDDDDAC    AS:i:0  XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:100     YT:Z:UU  NH:i:2  CC:Z:chr15      CP:i:102519544  HI:i:0

HISEQ2000-06:325:C2RC0ACXX:5:1101:16521:147635  355     chr1    11554   0       100M    =       11681   227     GTTTAATTTGTTAACTGATTACCATCAGAATTGTACTGTTCTGTATCCCACCAGCAATGTCTAGGAATGCCTGTTTCTCCACAAAGTGTTTACTTTTGGA  @@@DBDDDHFDDDHGGBA@AEFBBCGIC?BCGIAHBEFFHIHIDHC@DEGIIIHEG;8BDBFGGICFI:FG7@FHEHIICIEA;CA;77;7;;@;@A@6(    AS:i:-5 XN:i:0  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:1  MD:Z:11G88   YT:Z:UU  NH:i:5  CC:Z:chr12      CP:i:93956      HI:i:0

HISEQ2000-06:325:C2RC0ACXX:5:2304:4393:52082    163     chr1    11579   3       100M    =       11643   164     CAGAATTGTACTGTTCTGTATCCCACCAGCAATGTCTAGGAATACCTGTTTCTCCACAAAGTGTTTACTTTTGGATTTTTGCCAGTCTAACAGGTGAAGC  CCCFFFFFHHHHHIJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJIJJJJJJJJJJJJJJJGIJJJIJJJJJFHFHHHIJJJJJIEHIJHHHHFFFFFFEEEEEDDDDDDD    AS:i:-6 XN:i:0  XM:i:1  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:1  MD:Z:43G56   YT:Z:UU  NH:i:2  CC:Z:chr15      CP:i:102519492  HI:i:0

# Fastq文件前几行
$ head mySeq_1_1.fastq
@HISEQ2000-06:325:C2RC0ACXX:5:1101:1217:2215 1:N:0:TGCCGGCT
GGCACAGTCCATGCTTTTAACCAGATTTGAACAGAAGAATGGCCACTTGNNNNNNGTAGNNNNNNANNNNGNNNTNNNTNNCATGTGTCACATAACTACC
+
@C@FFFFDFFHHHGFFIIBEGHJIFHIIGCGIJJIJIJJIJIJJIIIGI######-.<B######-####,###,###(##,,5<?CDDDDCCDDDCDDD
@HISEQ2000-06:325:C2RC0ACXX:5:1101:1621:2040 1:N:0:TGCCGGCT
NGGTGACCTTCTCCCGCCAGAAGCCAAAAACTGCAGCCTACTTTTCTGAAGTGGTTATCTTGGGACTGAGGTATGGGCTATCTTGGGCTGTTTCCTATTT
+
#1==D;ADBHDFDHFHGGIIB;FFHIIGGGIGADEGEIIAHEEHIGHH==C8BGC;=FCDHICHCAAC>CE..;A>AC?9@CCCCCBBCB?CCCCCCCCC
@HISEQ2000-06:325:C2RC0ACXX:5:1101:1663:2146 1:N:0:TGCCGGCT
AGAGCCAAATATTTCAACAAAACTGCAGTTTAATTTCAGAAAATGTTAAAATATATATTTATACATCAATTTCTGACATACACTTAATGTGTTAGTATAC

# 统计fastq文件中的reads数量
$ awk 'END{print NR/4}' mySeq_1_1.fastq

# 查看fastq.gz文件
$ zcat mySeq_1_1.fastq.gz

# 统计fastq.gz文件reads数量
# 以下两种方法等价
$ zcat mySeq_1_1.fastq.gz | awk 'END{print NR/4}'
$ zcat mySeq_1_1.fastq.gz | echo $((`wc -l`/4))
# 同时，由于一些测序文件会对read做特殊标记，比如“@HISEQ2000”。所以，可以使用正则匹配。
# 注意：这种方法有潜在错误，慎重使用。
$ zgrep -c '@HISEQ200' mySeq_1_1.fastq

# 统计fastq文件reads长度分布
$ zcat mySeq_1_1.fastq.gz | awk '{if(NR%4==2) print length($1)}' | sort -n | uniq -c

# 序列数目
$ grep -c '>@' mySeq.fa

# 序列名称
$ grep -c '>@' mySeq.fa

# 同时合并fa.gz和fa文件
$ zless mySeq1.fa.gz mySeq.fa | gzip > merge.fa.gz

# 提取特定序列
samtools faidx mySeq.fa
samtools faidx mySeq.fa chr1 chr2 chr3

# GTF转换为GFF/GFF3
$ gffreads myGtfFile.gtf -o myGffFile.gff3

# GFF/GFF3转换为GTF
$ gffread myGffFile.gff3 -T -o myGtfFile.gtf

# 从GTF文件中提取序列信息
$ gffread -w myFastaFile.fa -g myGenome.fa myGtfFile.gtf