UCSC Table下载注释文件
在进行RNA-seq数据分析时，需要从UCSC Table下载各种注释信息。比如Cufflinks等要求的转录组注释信息、Cufflinks建议去除的rRNA/tRNA/线粒体组注释。
1. 基因注释信息
下载转录组Ensembl注释文件：
在“table”选择中，ensemblSource表示Ensembl类型注释，ensemblToGeneName表示Ensembl到基因名注释对应。
2. rRNA注释信息
分为两步：
第一步， “table”选择wgEncodeGencodeBasicV19。
第二步，按照下图编辑“filter”。
3. tRNA注释信息
分为两步：
第一步，“track”选择 tRNA Genes。
第二步，保留pseudo tRNA注释。
4. 线粒体基因组注释
分为两步：
第一步， “table”选择wgEncodeGencodeBasicV19。
第二步，按照下图编辑“filter”。
参考资料
另一种选择rRNA、tRNA和线粒体组注释的方法How to get tRNA/rRNA/mitochondrial gene GTF file
更新记录
2015年6月1日